石垣岛位于日本琉球列岛的八重山群岛的南方，为八重山群岛的政治、经济、教育和交通中心，面积222.6平方公里是冲绳县内仅次于冲绳岛和西表岛的第三大岛，也是日本面积第21大岛。岛上人口约4万5千人。行政上属于冲绳县石垣市，也是冲绳县八重山支厅所在地。知名人物夏川里美出身于此岛。
虽然石垣岛属于冲绳县，但距离冲绳县厅所在地的那霸市有410公里的距离，离东京更是有近2,000公里的距离。在地理上，比起日本多数地区，反离台湾比较近，距离台湾只有270公里。
岛中央为于茂登岳，海拔526公尺，是冲绳县内的最高峰。石垣岛南部多为珊瑚礁隆起的平地，人口多集中于此。